Ses collections, réunies dans un bâtiment du 16^e s., essentiellement constituées par les oeuvres d’art ayant appartenu aux Farnèse (sculptures gréco-romaines) et par le matériel retrouvé à Herculanum et à Pompéi (mosaïques), en font l’un des plus riches musées du monde pour la connaissance de l’Antiquité grecque et romaine. Par l’exhaustivité et la beauté de ses collections, le musée est un complément indispensable à la visite des sites de Pompéi et d’Herculanum.