La collection des Farnèse, héritée des Bourbons et enrichie au fil du temps, constitue le noyau de la pinacothèque. La disposition des oeuvres, essentiellement chronologique, permet de retracer certaines des grandes étapes de l’histoire de la peinture italienne, mise en regard avec quelques exemples étrangers importants. Entre autres chefs-d’oeuvre : Paul III avec ses neveux du Titien, la Crucifixion de Masaccio, La Transfiguration de Bellini, La Parabole des aveugles de Pieter Bruegel et la Flagellation du Caravage.