Deux cloîtres, à droite de l'église, permettent d'accéder à la chapelle des Pazzi et au Musée del'OEuvre de Sante Croce. Le premier, qui longe le bas-côté de l'église, abrite sous une galerie fermée dalles et stèles funéraires. Des bâtiments conventuels le séparent du Grand Cloître à étage, dessiné par Brunelleschi, mais achevé seulement en 1453, sept ans après sa mort. C'est, malgré son incrustation dans un quartier populaire, un véritable lieu de silence.